Paralleles Rechnen Seminar

Instructors: Univ-Prof. Dr. Bertil Schmidt
Shortname: 08.079.22590
Course No.: 08.079.22590
Course Type: Seminar

Requirements / organisational issues

Erfolgreiche vorherige Teilnahme an HPC oder Accelerated Computing with GPUs ist Voraussetzung zur Teilnahme.

E-Mail mit 2 bevorzugten Themen bis spätestens 21.7.2023 an Prof. Dr. Bertil Schmidt per E-Mail schicken. Ich werde daraufhin Ihnen ein Thema zuweisen. Es ist auch möglich eigenen Themen vorzuschlagen

Mögliche Themen:

  • BWA-MEM-SCALE: Accelerating Genome Sequence Mapping on Commodity Servers
  • Accelerating Lattice QCD Multigrid on GPUs Using Fine-Grained Parallelization
  • A fast, lock-free approach for efficient parallel counting of occurrences of k-mers
  • Tensor-Accelerated Fourth-Order Epistasis Detection on GPUs
  • Efficient Direct Convolution Using Long SIMD Instructions
  • Space Efficient Sequence Alignment for SRAM-Based Computing: X-Drop on the Graphcore IPU
  • Accelerating minimap2 for long-read sequencing applications on modern CPUs
  • GenDP: A Framework of Dynamic Programming Acceleration for Genome Sequencing Analysis
  • DistGNN: Scalable Distributed Training for Large-Scale Graph Neural Networks
  • Tensor Processing Primitives: A Programming Abstraction for Efficiency and Portability in Deep Learning Workloads
  • A framework for high-throughput sequence alignment using real processing-in-memory systems
  • Selber vorgeschlagenes Thema (muss aber von mir genehmigt werden)